Vườn Quốc gia Phong Nha – Kẻ Bàng nằm ở trung tâm Trung Trung Bộ của Việt Nam, phía Tây Nam sông Gianh; phía Tây và Tây Nam giáp với nước Cộng hoà dân chủ nhân dân Lào; phía Bắc giáp xã Thượng Hóa, huyện Minh Hóa; phía Đông và Đông Nam giáp xã Trường Sơn, huyện Quảng Ninh, tỉnh Quảng Bình. Vườn Quốc gia có chung ranh giới với Khu bảo tồn thiên nhiên Hin Namno của Cộng hoà dân chủ nhân dân Lào.
Dãy núi đá vôi Kẻ Bàng là hoang mạc đá vôi lớn nhất thế giới. Đó là kết quả tiến hóa tự nhiên cách đây gần 400 triệu năm. Quá trình tạo sơn phức tạp đã tạo cho Phong Nha – Kẻ Bàng địa thế hiểm trở, ẩn chứa một quần thể hang động kỳ vĩ, những tượng thạch nhũ đẹp nhất và những dòng sông tối ngầm dài nhất thế giới. Năm 1920, khu vực này được biết đến với những hang động nổi tiếng và được người Pháp tổ chức khai thác du lịch từ năm 1937. Gần đây, Đoàn thám hiểm Hang động Hoàng gia Anh phối hợp với Trường Đại học Khoa học Tự nhiên – Đại học Quốc gia Hà Nội, đã tìm kiếm và khám phá thêm nhiều hang động mới.
Hệ thống hang động Phong Nha – Kẻ Bàng thuộc loại cổ nhất Đông Nam Á, được hình thành do các đứt gãy kiến tạo trong kỷ Đệ Tam (35 triệu năm), đồng thời với pha tách giãn hình thành Biển Đông. Hệ thống hang động ở đây được phát triển trên một khối đá vôi lớn nhất Đông Nam Á, từ kỷ Devon muộn (377 triệu năm) đến kỷ Permi (250 triệu năm). Bao quanh khối đá vôi là các tầng địa hình phi carbonat, là điều kiện thu nước tốt cho khối đá vôi hình thành hang động, đồng thời tăng tính đa dạng sinh học trong khu vực. Có 2 hệ thống hang chính: hang Phong Nha, với tổng chiều dài 5.076m; hang Vòm, với tổng chiều dài 36.063m, hầu hết còn mang tính nguyên sơ.
Sự phong phú của địa chất, địa mạo đã tạo cho Phong Nha – Kẻ Bàng có 15 kiểu sinh cảnh rộng lớn, với 10 kiểu thảm thực vật quan trọng. Độ che phủ của rừng đạt tới 93,57%, trong đó diện tích rừng nguyên sinh đạt trên 83,74%, lớn nhất trong các khu bảo tồn thiên nhiên ở Việt Nam . Tại đây có nhiều sinh cảnh đặc biệt, với 71.000ha rừng tự nhiên trên núi đá vôi (còn tương đối nguyên sinh), chiếm 82% diện tích – lớn nhất trong các khu rừng trên núi đá vôi ở Việt Nam. Đặc biệt, ở đây tồn tại kiểu rừng kín thường xanh nhiệt đới trên núi đá vôi, độc đáo nhất ở Việt Nam và trên thế giới, có độ cao hơn 700m, với diện tích 22.500ha. Cũng ở độ cao hơn 700m, 1.000ha rừng cây “bách xanh núi đá” trên núi đá vôi, đã được xác định là loài mới và đặc hữu trên núi đá vôi của Việt Nam, cũng là kiểu rừng duy nhất trên thế giới có tầm quan trọng đặc biệt toàn cầu. Ngoài ra, sông suối trên núi đá vôi và 36 hang động trong khu vực Phong Nha – Kẻ Bàng cũng là sinh cảnh hết sức độc đáo. Phong Nha – Kẻ Bàng chứa đựng tính đa dạng của các hệ sinh thái tự nhiên, bao gồm rừng trên núi đá vôi, rừng trên núi đất và vùng chuyển tiếp, sông suối, hang động và các hệ sinh thái thứ sinh.Phong Nha – Kẻ Bàng có kiểu rừng độc nhất trên trái đất, đó là rừng nhiệt đới thường xanh, chủ yếu là cây lá kim, dưới tán là các loài “lan hài vệ nữ”, phân bố trên núi đá vôi, ở độ cao hơn 700m – 1000m và có 15 kiểu rừng, đặc biệt là kiểu rừng thường xanh trên núi đá vôi, có tầm quan trọng quốc tế. Những giá trị nổi bật trong quá trình phát triển về địa chất, địa mạo, khí hậu, thủy văn đã tạo môi trường lý tưởng cho đa dạng sinh học và giúp Phong Nha – Kẻ Bàng trở thành một trong 200 trung tâm có giá trị đặc biệt về đa dạng sinh học trên thế giới. Phong Nha và Kẻ Bàng được Tổ chức Bảo tồn Chim quốc tế đánh giá là 2 trong số 60 vùng chim quan trọng của Việt Nam.
Đến nay, đã xác định sự có mặt của 2.651 loài thực vật bậc cao có mạch, 735 loài động vật có xương sống, 369 loài côn trùng trong khu vực Phong Nha – Kẻ Bàng. Trong đó, 116 loài thực vật và 129 loài động vật được ghi trong Sách đỏ Việt Nam . Có tới 28 loài động, thực vật có giá trị kinh tế và khoa học cao đang bị đe dọa nguy cấp ở mức toàn cầu, như voọc Hà Tĩnh, chà vá chân nâu, vượn đen má trắng, hổ, sao la, sóc bay đen trắng, chó sói, gà lôi, rùa… Sự đa dạng sinh cảnh ở đây là điều kiện lý tưởng cho 9/21 loài linh trưởng (chiếm 43% của Việt Nam ) sinh sống. Có 3 loài linh trưởng đặc hữu của dãy Trường Sơn là voọc Hà tĩnh, voọc vá chân nâu, vượn bạc má. Khu hệ dơi với 46 loài (chiếm 43% tổng số loài của Việt Nam) ở đây, được xem là đa dạng nhất cả nước, đồng thời là tiềm năng lớn nhất Việt Nam và thế giới về bảo tồn các loài dơi. Đặc điểm về vị trí địa lý tạo cho Phong Nha – Kẻ Bàng trở thành địa điểm quan trọng đối với công tác bảo tồn các loài sinh vật đặc hữu. Trong số 419 loài thực vật (28 loài lan), có 2 loài mới đặc hữu rất hẹp, là “bách xanh núi đá” và Oligoceras eberhardtii. Có tới 41 loài động vật đặc hữu của dãy Trường Sơn, gồm 30 loài đặc hữu của Việt Nam, trong đó có 23 loài đặc hữu hẹp, mới chỉ tìm thấy ở đây. Cũng tại khu vực địa lý – lịch sử đặc biệt này, vào đầu thế kỷ XX, các nhà thám hiểm và học giả Anh, Pháp phát hiện một số di tích Chăm, Việt cổ, như bàn thờ của người Chăm, chữ của người Chăm khắc trên vách đá, gạch, tượng đá, tượng Phật, mảnh gốm và nhiều bài vị… Có thể dấu tích nhiều mảnh th&irc;n và miệng các bình gốm có tráng men của Chăm với các mảnh gốm thô sơ có lõi đen, có vòng phân miệng loe rộng so với thân, tạo một góc gần vuông ở hang Bi Ký trong động là một thánh đường của Chăm từ thế kỷ IX – XI. Ngoài ra còn có các gốm hoa văn miệng hình cánh sen, màu xanh ngọc, màu lông thỏ hồng nhạt… Ngoài ra, khu vực này còn là nơi đang bảo tồn những bản sắc văn hóa của hai tộc người có dân số ít nhất ở Việt Nam và trên thế giới, đó là người Arem và người Rục. Khu vực rừng Phong Nha – Kẻ Bàng cũng là nơi hiện còn lưu lại nhiều dấu tích lịch sử oai hùng từ thời kháng chiến chống Mỹ, như đường mòn Hồ Chí Minh (Đông Trường Sơn), các di tích hang Tám cô, hang Chín tầng, bến phà Nguyễn Văn Trỗi, các kho hàng hoá trong hệ thống hang động ở Tuyên Hoá, Minh Hoá… Động Phong Nha có một thời được bộ đội Đoàn 559 dùng làm nơi cất giấu hàng hoá, những chiếc phà sắt để vận chuyển xe, hàng ra tiền tuyến. Tháng 7 năm 2003, Vườn Quốc gia Phong Nha – Kẻ Bàng đã được UNESCO công nhận là di sản thiên nhiên thế giới. Các nhà khoa học khẳng định rằng, Vườn Quốc gia Phong Nha – Kẻ Bàng còn nhiều tiềm ẩn về đa dạng sinh học cho công tác nghiên cứu khoa học. Gần đây, các nhà khoa học đã phát hiện thêm 1 loài thực vật, 1 loài chim, 6 loài bò sát, 1 loài lưỡng thê, 12 loài và phân loài cá và 2 loài bướm. Từ cuối thế kỷ XX đến nay, không một khu bảo tồn nào gây được sự chú ý với các nhà sinh học như Phong Nha – Kẻ Bàng. Hiện nay, công tác xây dựng hồ sơ đề nghị UNESCO công nhận lần 2 cho Vườn Quốc gia Phong Nha – Kẻ Bàng là di sản thế giới với giá trị đa dạng sinh học đang được hoàn thiện để gửi tới UNESCO. Vườn Quốc gia Phong Nha – Kẻ Bàng là một di tích và danh thắng hội tụ được nhiều giá trị nổi bật. Chính những giá trị này đã mang lại cho Phong Nha – Kẻ Bàng một sự hấp dẫn đặc biệt riêng. Vì vậy, Thủ tướng Chính phủ đã quyết định xếp hạng Vườn Quốc gia Phong Nha – Kẻ Bàng là di tích quốc gia đặc biệt (Quyết định số 1272/QĐ-TTg, ngày 12/8/2009).Hoàng Phúc (Theo Hồ sơ xếp hạng di tích, tư liệu Cục Di sản văn hóa)